Yayasan Apostolik Indonesia didirikan pada tanggal 26 Mei 2011. Yayasan ini terpanggil untuk mendidik generasi muda Indonesia sehingga cakap untuk membangun Indonesia dalam berbagai bidang seperti bidang teologi, pendidikan dan ketrampilan praktis lainnya. Hal ini dibuktikan bahwa dibawah Yayasan Apostolik Indonesia setiap bulannya melakukan seminar-seminar teologi diberbagai tempat di Indonesia dimana pesertanya adalah para gembala-gembala/hamba Tuhan dan juga melakukan training/pelatihan-pelatihan bagi hamba Tuhan dan jemaat agar mampu bersaksi sebagai orang Kristen yang diberkati Tuhan dan menjadi saksi yang hidup untuk mencerminkan karakter Kristus ditengah-tengah masyarakat.
Dalam perjalanan waktu seiring dengan memenuhi panggilan Tuhan di ladangNya, salah seorang pendiri dan Pembina Yayasan Apostolik Indonesia yaitu Pdt. Yosua Ramadhan terpanggil untuk mengembangkan pendidikan di Indonesia agar orang Kristen di Indonesia menjadi pribadi yang kuat dalam Kristus sekaligus mampu memberikan sumbangsih yang besar bagi bangsa Indonesia. Setelah melalui pergumulan dalam doa, maka hal tersebut dibagikan (sharekan) kepada para hamba Tuhan yang juga terbeban dalam dunia pendidikan. Dalam pergumulan tersebut diputuskan untuk mendirikan sekolah teologi yang diberi nama SEKOLAH TINGGI TEOLOGI GALILEA INDONESIA. Adapun yang turut mendukung pendirian STT Galilea Indonesia ini adalah Ev. Dr. Jonsa Manullang, M.Th., M.Pd.K, Pdt Dr. Ayub Panggalewu, M.Th, Pdt Yosua Romadhan, S.Th, Ev. Dewi Ina Morata, M.Pd.K dan Samuel Ridolf Ly, M.Th. Kemudian prakarsa dari Ev. Dr Jonsa Manullang dan yang didukung oleh hamba Tuhan yang lainnya diajukan kepada Yayasan Apostolik Indonesia mengingat Yayasan Apostolik Indonesia sudah dewasa dalam membina sekolah diberbagai Negara lain seperti di Pilipina, Malaisya, Cina dan berbagai Negara lainnya. Setelah melalui pertimbangan dengan usia yang sudah dewasa dan pengalaman yang sangat memadai dalam membina Sekolah Tinggi Teologi didukung oleh sumber daya manusia yang memiliki kompetensi dan keahlian yang semakin berkembang, sumber daya sarana dan prasarana yang sangat mendukung, letak geografis yang strategis dan potensi calon mahasiswa yang besar, serta tuntutan kebutuhan untuk mengikuti perkembangan pelayanan dan ilmu di bidang Teologi yang semakin maju dan pesat, maka dipandang sudah sangat perlu dan layak untuk membuka Sekolah Tinggi Teologi di Indonesia tepatnya di Yogyakarta dengan nama Sekolah Tinggi Teologi GALILEA INDONESIA.